怎样保证清洁度显微镜光轴的平均度：
数码清洁度显微镜物镜单元中还有一块可动光阑板，上有几个孔径不等(如205m^-120pm)的光阑片，可供不同目标试验时选用。清洁度显微镜低反差样品可选用小孔光阑，厚样品和高分辩像工作(指相位衬度像)可接纳较大孔的光阑，而进行电子衍射试验时必须撤出物镜光阑。平时样品放在物镜的前(即物方)中心左近，而清洁度显微镜光阑坐落物镜的后(即像方)焦面中。物镜的焦距很短仅为1毫米摆布，清洁度显微镜磁场又密布分布在缝隙很小的极靴处，因此保证样品支架、物镜可动光阑板以及极靴孔槽面的平行度特别紧张。
偏明显微镜往往中心镜工作于弱鼓励情况，而投影镜是强鼓励式的。由于清洁度显微镜的成像平面是固定的、调查图画用的荧光屏，因此在不同的扩大模式中尽管各中心镜的电流可以有种种更改，但是它们终究所成的像，，也便是投影镜的物，应该坐落光轴上的相对稳定的地位处。这样清洁度显微镜的物距改变不会太大。为保证其成像在固定的荧光屏上，投影镜的电流一般不用作太大的调解。从像差的视点来看，这几级中的电子束有效孔径角a己变得很小，故紧张的只是畸变。这是由于经物镜扩大后，这几级清洁度显微镜的物具有离轴高度(r)较大的特征。在设计中往往有意识在上、下透镜中令其交替发现桶形或枕形畸变并终究彼此抵消。
在清洁度显微镜上方常插入一块选区光阑板，板上也有几个孔径不等(例如从几十Jim到上千5m)的光阑片。它的优点是在中心镜的物即物镜的像)上挑选必然的感趣味区，以供应作电子衍射剖析用。这种选区归根结底等效于在样品上选区。它是一种利便的偏明显微镜微区结构剖析的技巧。
